莫旗以“产业兴旗”“绿色兴旗” 为目标，在“销得好”“品牌好”方面下功夫，大力打造以绿色优质特色种植为荣，以优质、特色和品牌为核心的新型管理模式。

莫旗积极推进“龙头企业+合作社+基地+农户”模式，完善“互联网+”模式，进一步提升收储、精深加工、农产品营销能力，整合统一品种种植、统一标准生产、统一加工包装、统一品牌打造、统一销售“五个一”的产业营销发展模式。莫旗重点在繁育、标准制定、质量追溯、投入品供应、生产技术服务、订单回收、市场营销、品牌打造上加大工作力度，在产业链延伸发展和价值链增收上做足文章。莫旗现有经农业部门认定的家庭农场549家，合作社2550家，参与土地经营流转的农民专业合作社600多家，土地流转面积480万亩，其中国家级示范社6家、自治区级示范社10家、市级示范社36家，获得全国农民合作社质量提升整县推进试点地区称号。

此外，莫旗还不断加强农业生产管理和体制机制创新，严格执行各项农牧业生产标准流程，持续加强农时、科技、标准、服务、环境5项工作，重点打造品牌农业、数字农业、生态农业、高效农业，用创新生产服务理念强化农业市场化探索。通过无公害农产品、绿色食品、有机农产品和农产品地理标志“三品标” 认证的绿色农产品达65个，被评为全区农畜产品质量安全县。