莫旗近年来大力发展绿色产业，自2009年开始创建全国绿色食品原料（大豆、玉米、水稻）标准化生产基地，2011年被农业部绿色食品管理办公室和中国绿色食品发展中心批准成为全国第十一批23个创建单位和24个创建基地之一。是全国唯一获批开展创建全国绿色食品原料标准化生产基地的少数民族自治旗。基地规模位列全国该批创建基地面积之首---大豆 50万亩、玉米50万亩、水稻10万亩，共计110万亩。2014年绿色食品原料（大豆、玉米、水稻）标准化生产基地面积已发展至160万亩。已有38个产品分别获无公害农产品、绿色食品、有机食品标志认证及农业部农产品地理标志登记保护。

目前，编制完成莫旗绿色食品发展规划（2014年—2018年），规划到2018年，建成全国绿色食品标准化原料基地660万亩，绿色食品认证面积达到种植面积的80%。建成绿色食品产业基地：1.绿色食品原料标准化大豆生产基地（350万亩）、2.绿色食品原料标准化水稻生产基地（30万亩）、3.绿色食品原料标准化玉米生产基地（350万亩）、4.绿色食品原料标准化杂粮杂豆生产基地（10万亩）、5.建设绿色食品特色作物基地（15万亩）、6.绿色食品蔬菜、瓜果基地（10万亩）、8.绿色脱毒马铃薯生产基地（15万亩）、9.绿色食品牛、羊肉、生猪生产基地（产肉8万吨）、10.绿色食品鲜奶乳制品生产基地（产奶7万吨）、11.绿色食品大鹅生产基地(养殖规模300万羽)、12.绿色食品水产品生产基地(1万吨)、13.绿色食品饮品、矿泉水生产加工基地(5万吨)。